囊胚的细胞数量较多，通常达到100个以上。多项研究表明，囊胚移植的成功率普遍高于卵裂期胚胎。原因在于：
1. 筛选机制：能够发育到囊胚阶段的胚胎，往往具有更强的生存能力和更高的着床潜力。这一过程自然地淘汰了一些发育不良或染色体异常的胚胎。2. 子宫环境匹配：囊胚移植的时间更接近于自然受孕中胚胎进入子宫的时间点，这有助于提高胚胎与子宫内膜的同步性，水到渠成地增加着床机会。卵裂期胚胎的质量评估主要依赖于细胞分裂速度、对称性及碎片程度等外观特征，但这些指标并不能完全反映胚胎的内在遗传状况。
囊胚的质量评估则更为全面，除了考虑外观特征外，还可以通过活检技术进行基因检测，去除染色体异常等问题，进一步提高移植成功率和妊娠质量。1. 年轻且卵巢储备良好的女性：这类患者通常可以获得较多高质量的卵子，培养至囊胚阶段的成功率较高，故而更适合选择囊胚移植。2. 年龄较大或卵巢功能减退的女性：这类患者获得优质卵子的机会较少，卵裂期胚胎移植可能是更合适的选择，因为纵然培养至囊胚阶段，也可能因胚胎数量不足而影响移植机会。
囊胚培养需要额外的时间，这期间可能产生额外的实验室费用。补充说明，如果胚胎未能成功培养至囊胚阶段，患者可能需要重新进行促排卵和取卵手术，增加了治疗周期和经济负担。